Istnieją trzy rodzaje szczepionek

Szczepionki atenuowane, zawierające żywe drobnoustroje o zmniejszonych właściwościach chorobotwórczych, szczepionki inaktywowane zawierające zabite‘drobnoustroje, tzw. anatoksyny tj. szczepionki zawierające pozbawione toksyczności jady bakteryjne. Wyróżnia się szczepionki jednorodne, chroniące tylko przed jedną chorobą zakaźną lub skojarzone. Tych ostatnich używa się obecnie coraz szerzej. Zawierają one kilka odmiennych antygenów i pozwalają na uodpornienie jednoczesne przeciw kilku chorobom (np. szczepionka przeciw błonicy, tężcowi i krztuścowi Di-Te-Per, przeciw błonicy i tężcowi — Di-Te, przeciw durowi brzusznemu (Ty-Te). Z wymienionych wyżej trzech rodzajów szczepionek najlepsze działanie uodporniające wywierają szczepionki atenuowane. Stosowane są one obecnie w profilaktyce gruźlicy, ospy prawdziwej, nagminnego porażenia dziecięcego (poiiomyeJitisJ; odry, różyczki, świnki i żółtej febry. W odróżnieniu od szczepionek atenuowanych i anatoksyny, uodpornianie szczepionkami inaktywowanymi daje mniejszą i krócej trwającą odporność. Należą do nich szczepionki przeciw chorobom bakteryjnym, jak: krztusiec, dur brzuszny, dury rzekome, cholera, dżuma, dur wysypkowy oraz przeciw chorobom wirusowym (grypie, wściekliźnie). Do grupy szczepionek inaktywowanych zalicza się również tzw. autoszczepionki sporządzone ze szczepów chorobotwórczych, wyizolowanych od tego samego chorego, który ma być poddany szczepieniu (stosowane dość często u dzieci z często nawracającymi nieżytami górnych dróg oddechowych). Anatoksyny stosowane są do zapobiegania chorobom wywołanym działaniem jadów bakteryjnych (błonica, tężec, botulizm).